En esta temporada 13, el equipo seguirá cualquier caso criminal que esté relacionado con el cuerpo de Marines o con la Armada, además de aquellos en los que el NCIS pueda ser de ayuda.Tras la salida en la temporada 12 de los personajes Nell y Eric, en esta nueva temporada el Almirante Hollace Kilbride toma protagonismo como personaje regular y todo apunta a que sustituirá a Hetty como como Gerente de Operaciones de la Oficina de Proyectos Especiales.