El protagonista es Shinishi Kudo, un adolescente de 16 años alumno de instituto que siente verdadera fascinación por las novelas policíacas de Arthur Conan Doyle y Tanpo Edogawa (famoso escritor de novelas policíacas en Japón). Su verdadero deseo no es leerlas, sino protagonizarlas. Un día, después de haber resuelto un caso de asesinato, sigue a dos hombres vestidos de negro que le resultan sospechosos. Uno de ellos le administra un veneno experimental que, a pesar de la intención de los dos hombres, no surte los efectos deseados. Shinishi ve su cuerpo reducido al de un niño de seis años. Se refugia en su casa donde un inventor loco amigo de la familia, el Profesor Agase, le recomienda no decir nada a nadie, ni siquiera a su amiga Ran Mouri. Cuando ésta llega a casa de Shinishi, éste se presenta como un primo de Shinishi llamado Conan Edogawa. Ella le lleva a su casa donde vive con su padre, un detective de segunda con el que Conan Edogawa/Shinishi resolverá multitud de casos.