Tras una fuerte tormenta, Ash Ketchum y sus amigos embarrancan en la isla de Shamouti, justo cuando los isleños están preparándose para asignar el papel de héroe de su festival anual, que deciden ofrecerle a Ash. En el festival se representa una antigua leyenda sobre tres poderosas aves Pokémon: Moltres, Zapdos y Articuno, que mantienen el equilibrio de la naturaleza gobernando los elementos de fuego, relámpagos y hielo, cada uno desde sus dominios en islas independientes. Pero según la leyenda la coexistencia pacífica entre las tres aves se romperá y sólo el Elegido, un valiente humano, podrá restablecer el equilibrio.Segunda parte de la exitosa ''Pokémon: la película'', estrenada el mismo año y que se saldó con un considerable éxito de taquilla. A raíz de tal acogida, los personajes del popularísimo videojuego original, vuelven a la pantalla de la mano del mismo director de la primera entrega, Kunihiko Yuyama.