Es 1964 y el mundo está cambiando. En el colegio católico de San Nicolás, en el Bronx, el padre Flynn, un brillante y carismático sacerdote, intenta desafiar las estrictas reglas del colegio que la hermana Aloysius lleva años custodiando con mano férrea. Los cambios políticos están llegando a todos los estratos de la sociedad y la escuela acaba de aceptar a Donald Miller, su primer estudiante negro. Una joven novicia le comenta a la hermana Aloysius sus sospechas sobre el padre Flynn, del que cree que esté dedicando una atención inapropiada al nuevo alumno.